Evaluating strategies of phylogenetic analyses by the coherence of their results

Évaluation des stratégies d'analyse phylogénétique par la cohérence de leurs résultats Abstract I propose an approach to identify, among several strategies of phylogenetic analysis, those producing the most accurate results. This approach is based on the hypothesis that the more a result is reproduced from independent data, the more it reflects the historical signal common to the analysed data. Under this hypothesis, the capacity of an analytical strategy to extract historical signal should correlate positively with the coherence of the obtained results. I apply this approach to a series of analyses on empirical data, basing the coherence measure on the Robinson-Foulds distances between the obtained trees. At first approximation, the analytical strategies most suitable for the data produce the most coherent results. However, risks of false positives and false negatives are identified, which are difficult to rule out. Résumé Je propose une approche pour identifier, parmi plusieurs stratégies d'analyse phylogénétique, celles aux résultats les plus fiables. Cette approche se base sur l'hypothèse que plus un résultat est reproduit à partir de données indépendantes, plus il reflète le signal historique commun aux données analysées. Sous cette hypothèse, la capacité d'une stratégie d'analyse à extraire le signal historique devrait être positivement corrélée à la cohérence des résultats obtenus. J'applique cette approche à une série d'analyses sur des données empiriques, en basant la mesure de cohérence sur les distances de Robinson-Foulds entre les arbres obtenus. En première approximation, les stratégies d'analyse les plus adaptées aux données produisent les résultats les plus cohérents. Cependant, des risques de faux positifs et de faux négatifs difficiles à écarter sont identifiés. Notice This is the author's version of a work that was accepted for publication in Comptes Rendus Palevol. Changes resulting from the publishing process, such as peer review, editing, corrections, structural formatting, and other quality control mechanisms may not be reflected in this document. Changes may have been made to this work since it was submitted for publication. References of the definitive version shall be provided here in an update of this author's version.